用传统分子动力学观察蛋白质变形，像逐帧拍一扇几乎不开的门：原子运动算了很久，关键的一次开合仍可能没有发生。Gen-COMPAS 想绕过这段等待。它从已知的起点和终点结构出发，用去噪扩散模型——一种从噪声中逐步生成合理结构的方法——提出可能的中间构象，再用 committor 筛选：这个数表示系统更可能前往终点，还是退回起点；接近一半的构象通常就在跃迁关口。
筛出的中间态会接受短程、无偏置模拟，以拼出跃迁区域。作者称，这套方法不需要预先指定反应坐标，也不依赖已有机理知识；在从微型蛋白质到五聚体配体门控离子通道的测试中，只凭两端结构便重建了跃迁路径、过渡态和自由能景观。其总采样量处于纳秒至亚微秒尺度，而常规方法需要高出多个数量级。值得注意的是，现有材料仅披露论文摘要，尚不足以独立判断这些效率优势在更多体系中的稳定性。